Olá a todos!
Primeiramente gostaria de agradecer a oportunidade de participar deste espaço tão importante e fundamental para os profissionais, pesquisadores e estudantes das ciências da saúde em toda sua multidisciplinaridade.
Meu nome é Robson J. de Almeida, sou biomédico, especialista em biologia molecular, bioinformata, mestre em Medicina e doutorando em Medicina pela Universidade Nove de Julho – SP. Hoje atuo na docência e pesquisa: http://lattes.cnpq.br/3360541197935954
Gostaria de compartilhar um pouco sobre uma área extremamente importante e que a cada dia mais, necessita de profissionais especializados dentro das suas inúmeras vertentes: a Bioinformática.
De uma forma geral, a Bioinformática é uma ciência que engloba conhecimentos sólidos em biologia, estatística e informática. Atualmente os estudos, desenvolvimentos e inovações “ômicos” em genômica, proteômica e metabolômica, indiscutivelmente dependem muito deste profissional.
Sou um Bioinformata ligado a vertente da pesquisa em transcriptomas e suas expressões gênicas diferenciais. Durante a minha experiência acadêmica e de pesquisa, percebo a necessidade de uma abordagem mais elucidativa em capacitações, treinamentos, educação continuada para a identificação de “novos talentos” em Bioinformática.
Muitos colegas assustam só ver os softwares, sintaxes, gráficos e planilhas que geram dados e resultados oriundos de sequenciamentos de última geração (NGS), achando ser um bicho de sete cabeças. Posso afirmar que uma “pitada” de afinidade, esforço e estudo, seguramente é a chave para o direcionamento de colegas que possuem interesse nesta área.
Trazendo o assunto para purismo científico, atualmente contamos com um vasto menu de ferramentas (softwares) de alto rendimento em processamento de dados e desenvolvido por comunidades científicas em todo mundo, como o software para análises estatísticas e genômicas R-Statistics, RStudio e a Bioconductor que é um projeto científico para o desenvolvimento de softwares e pacotes para análise e compreensão genômica. Todas essas ferramentas partem da filosofia open source softwares que disponibiliza gratuitamente o que há de melhor em ferramentas computacionais e pacotes para a pesquisa ou até mesmo a instituições comerciais como laboratórios entre outros.
Um paper interessante que propõe exemplificar um método de análise diferencial de expressão gênica é:
- Analysis and visualization of RNA-Seq expression data using RStudio, Bioconductor, and Integrated Genome Browser
Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25757788
Neste trabalho os autores mostram pipelines (escritas de comandos em linguagem R) para a análise de transcriptoma e gerar resultados de genes diferencialmente expressos.
Partindo do ponto de vista da reprodutibilidade deste excelente trabalho, num primeiro momento ficaria muito difícil para um interessado, reproduzi-lo sem ajuda de um bioinformata. Então, reconhecendo essas complexidades, surgiu a ideia de realizar capacitações para transpor esta e outras informações teóricas para a prática computacional, instigando o indivíduo a executar de forma monitorada análises em Bioinformática.
Pensando nisso, organizei um projeto prático, básico, rápido e inicial para interessados, com abordagens teóricas e computacionais (práticas) que englobam os seguintes fundamentos:
Teórico:
- O profissional Bioinformata.
- Introdução ao sequenciamento NGS (sequenciamento de última geração).
- Banco de dados oriundos do sequenciamento NGS.
- Tratamento dos dados e confecção de matriz de expressão gênica
- Introdução ao programa R Statistics.
- Introdução ao programa R Studio.
- Introdução aos pacotes de análises gênicas da Bioconductor.
- Introdução ao pacote edgeR (Expressão gênica diferencial em ambiente R)
Prático:
- Aplicabilidade dos pipelines edgeR.
- Confecção da lista DGE (genes diferencialmente expressos).
- Confecção de gráficos DGE.
- Análise biológica de vias metabólicas dos DGEs.
- Correlação clínica com os dados do DGE.
- Introdução a validação dos DGEs para formação de painéis de biomarcadores.
Público alvo:
Estudantes ou profissionais em Biomedicina, Farmácia, Biologia, Medicina, Enfermagem, Nutrição e Fisioterapia.
Pré-requisitos:
Conhecimento básico em biologia molecular, informática básica, fisiopatologia e bioquímica.
Inscrições: podem ser feitas clicando aqui ou pelo link http://gg.gg/bioinfo161119
Esta será a primeira experiência em curso de capacitação que irei realizar aqui em São Paulo, com grande otimismo em expandir este conhecimento tão específico e importante aos colegas interessados.
Agradeço em especial o Dr. Fernando Carbonieri pelo apoio e incentivo neste projeto que esperamos colher muitos frutos.
Atenciosamente,
Prof. Robson José de Almeida
Da Comunidade Academia Médica:
Obrigada professor Robson José de Almeida por compartilhar o seu conhecimento na Comunidade Academia Médica!