A desotimização resulta na redução da expressão gênica em diferentes sistemas e/ou organismos, como mamíferos, bactérias ou células de insetos. Recentemente, o potencial de desotimização de códons começou a ser explorado para gerar vírus de RNA ou DNA recombinante, como na produção de vacinas vivas atenuadas e/ou vetores de vacina. Entretanto, não havia até então um sistema de software capaz de integrar e automatizar a escrita dos códons para a desotimização.
Pesquisadores do Texas, da Espanha e da Índia uniram-se e montaram a ferramenta chamada de CoDe (abreviação de Codon Deoptimization), que permite que os usuários façam edições precisas em um código genético para tornar os genes menos funcionais e assim desoptimizar os genes. Essa ferramenta é particularmente importante para o desenvolvimento de vacinas vivas atenuadas, pois esse tipo de imunizante inclui a sequência genética completa de um vírus e não apenas uma pequena parte do vírus. Por isso, é imperativo que o vírus tenha sido atenuado o suficiente para que não possa voltar à sua forma original.
Os pesquisadores explicam que com o CoDe é possível mutar com precisão milhares de nucleotídeos em um único gene, o que torna extremamente difícil a reversão do vírus. Além disso, também permite aos cientistas modular a expressão gênica de pequenas seções, em vez de eliminar genes inteiros completamente.
Como funciona a ferramenta?
Os usuários informam ao CoDe qual sequência genética deve ser desotimizada. O programa identifica quais nucleotídeos (letras) específicos devem ser alterados no código genético, o que resulta em uma versão funcional, mas inofensiva, do vírus.
O programa também pode converter automaticamente as edições necessárias para atenuar uma vacina projetada para diferentes espécies. Embora projetado para vírus, o CoDe pode ser facilmente adaptado para outros organismos, como bactérias.
A ferramenta é protegida por direitos autorais, mas está disponível gratuitamente para uso em ambientes acadêmicos.
Referência:
Divya Sharma, Tracey Baas, Aitor Nogales, Luis Martinez-Sobrido, M Michael Gromiha, CoDe: a web-based tool for codon deoptimization, Bioinformatics Advances, Volume 3, Issue 1, 2023, vbac102, https://doi.org/10.1093/bioadv/vbac102
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